Với tên gọi đầu tiên là Bảo sanh viện Đông Dương do ông Hui Bon Hoa - nhà kinh doanh địa ốc lớn nhất Sài Gòn xây dựng vào năm 1937. Đến nay, qua hơn 80 năm hình thành phát triển, Bệnh viện Từ Dũ được biết đến như một bệnh viện đầu ngành về sản phụ khoa, hiếm muộn và thụ tinh nhân tạo của cả nước, đồng thời là trung tâm sản phụ khoa lớn nhất khu vực phía Nam.
Bảo sanh viện Đông Dương sau đó đổi tên lần lượt thành Việt Nam bảo sanh viện; Bảo sanh viện George Béchamps; Bảo sanh viện Từ Dũ; Viện Bảo vệ bà mẹ - sơ sinh 2, Bệnh viện Phụ sản TPHCM và có tên gọi Bệnh viện Từ Dũ chính thức vào năm 2004. Đồng thời đây cũng là nơi hình thành trường Nữ hộ sinh Quốc gia vào năm 1947.
Trải dài theo lịch sử phát triển của đất nước, Bệnh viện Từ Dũ đã có nhiều mốc son đáng nhớ. Chẳng hạn như:
- Vào năm 1954 - 1964, Bệnh viện Từ Dũ với tên gọi Bảo sanh viện Từ Dũ được xem là bệnh viện chuyên ngành sản phụ khoa lớn nhất nhì Đông Nam Á. Giám đốc khi đó là Giáo sư Trần Đình Đệ, người Việt Nam đầu tiên tốt nghiệp Thạc sĩ Y khoa ngành phụ sản tại Paris.
- Năm 1988, ca mổ song sinh Việt - Đức vào không chỉ là sự kiện của Bệnh viện Từ Dũ mà đã trở thành biểu tượng cho sự thành công của nền y học nước nhà.
- Năm 1990, y bác sĩ Bệnh viện Từ Dũ đã góp phần xoa dịu nỗi đau chiến tranh khi cưu mang những đứa trẻ chào đời có hình hài không hoàn chỉnh khi khánh thành Làng Hòa Bình - một ngôi làng ấm áp tình người dành cho những số phận không may mắn.
- Năm 1991, Bệnh viện Từ Dũ là đơn vị y tế đầu tiên tại Việt Nam, được Tổ chức các thầy thuốc thế giới chuyển giao kỹ thuật phẫu thuật nội soi.
- Ngày 30/3/1998, 3 bé sơ sinh chào đời bằng phương pháp thụ tinh trong ống nghiệm đầu tiên của Việt Nam được thực hiện tại Bệnh viện Từ Dũ. Để mang được kỹ thuật tiên tiến này từ thế giới về Việt Nam, các bác sĩ Bệnh viện Từ Dũ đã “thai nghén” trong vòng 10 năm trời.
Bên cạnh đó, các bác sĩ Bệnh viện phụ sản Từ Dũ ứng dụng kỹ thuật cao trong chẩn đoán tiền sản như dùng kỹ thuật sinh học phân tử trên hệ thống hiện đại nhằm phát hiện để tư vấn chấm dứt thai kỳ với những trường hợp bất thường lớn về cấu trúc thai nhi (có thể do thiếu men G6PD, suy giáp trạng bẩm sinh…). Bệnh viện Từ Dũ được chỉ định là Trung tâm Sàng lọc, chẩn đoán trước sinh và sơ sinh khu vực phía Nam trong đề án Sàng lọc trước sinh và sơ sinh...