Khái niệm và tên gọi về thực phẩm chức năng bắt nguồn từ Nhật Bản. Vào năm 1980, Bộ Y tế và Sức khỏe Nhật Bản bắt đầu xây dựng hệ thống tổ chức trong Bộ, tổ chức này có nhiệm vụ điều chỉnh và công nhận những loại thực phẩm có hiệu quả cải thiện sức khỏe của cộng đồng dân cư. Họ cho phép ghi trên nhãn hiệu hàng hóa thực phẩm sử dụng cho sức khỏe con người, được viết tắt từ cụm từ tiếng Anh là FOSHU (Foods for Specified Health Use).

Ở Nhật, “những loại thực phẩm có hiệu quả lên sức khỏe bởi các chất dinh dưỡng truyền thống và các hoạt chất sinh học có chứa trong nó”, người ta gọi là thực phẩm chức năng. Sau đó, thực phẩm chức năng xuất hiện trên nhiều nước khác trên thế giới.

Ở Mỹ quan điểm của ADA: Thực phẩm chức năng là “bao gồm tất cả các thành phần có trong nó và cũng là thực phẩm được làm mạnh thêm, làm giàu thêm hoặc nâng cao thêm yếu tố nào đó, có hiệu quả tiềm năng đến sức khỏe khi tiêu thụ một phần nó trong khẩu phần một cách thường xuyên, với mức độ có tác dụng”.

Theo FDA thì thực phẩm chức năng là loại thực phẩm cung cấp các chất dinh dưỡng cơ bản có ích cho sức khỏe. Thực phẩm chức năng là “thực phẩm mà nếu ăn nó, thì sức khỏe sẽ tốt hơn khi không ăn nó”. Ví dụ như rau xanh và trái cây có chứa đủ chất để làm tăng cường sức khỏe. Những chất có hoạt tính sinh học trong thực phẩm chức năng có ích cho sức khỏe hoặc có ảnh hưởng sinh lý theo hướng mong muốn.

Tại Việt Nam, theo định nghĩa của Bộ Y tế, thực phẩm chức năng là thực phẩm dùng để hỗ trợ chức năng những cơ quan bộ phận trong cơ thể người, có tác dụng dinh dưỡng, tạo cho cơ thể tình trạng thoải mái, tăng sức đề kháng, giảm bớt nguy cơ gây bệnh.

Các tên gọi khác của thực phẩm chức năng là: Thực phẩm bổ sung, Sản phẩm bảo vệ sức khỏe, Thực phẩm đặc biệt, Sản phẩm dinh dưỡng y học, Thực phẩm thuốc.