Viêm thượng củng mạc lan tỏa đơn thuần không điều trị cũng sẽ tự khỏi mà không để lại di chứng. Thuốc tra có corticoid không chỉ có hai do tác dụng phụ của chúng mà còn làm quá trình bệnh kéo dài hơn, tỷ lệ tái phát cao hơn sau khi ngừng thuốc và hiệu ứng bùng nổ bệnh làm cho bệnh nặng hơn khi tái phát. Điều trị viêm thượng củng mạc toả lan đơn thuần chỉ cần thuốc bổ trợ như chườm lạnh hoặc nước mắt nhân tạo. Nghiên cứu thử nghiệm lâm sàng cho thấy các thuốc chống viêm không corticoid cũng không có hiệu quả.

Nếu bệnh nhân yêu cầu điều trị vì lý do nghề nghiệp hoặc một số trường hợp viêm nốt thương củng mạc cần điều trị thuốc được dùng sẽ là thuốc chống viêm không corticoid uống toàn thân liên tục trong 6 tháng sau đó giảm dần liều và theo dõi tình trạng tái phát.

Viêm thượng củng mạc phối hợp với các bệnh đặc hiệu cũng  cần điều trị bằng thuốc chống viêm không có corticoid toàn thân và điều trị đặc hiệu cho bệnh phối hợp. Cơ địa dị ứng atopy cần kiểm soát môi trường phù hợp và dùng thuốc kháng Histamin toàn thân. Gút cần được điều trị bằng allopurinol. Bệnh nhân bị chứng cá đỏ cần dùng tetracyclin uống. Plaquenil uống 200mg, 2lần/ngày có hiệu quả trong điều trị các bệnh chứng mắt (viêm thượng củng mạc) và da trong  lupus ban đỏ rải rác. Bệnh nhân có viêm nốt thượng củng mạc phối hợp với viêm khớp dạng thấp thường đáp ứng với loại thuốc chống viêm không corticoid nào đó và như vậy cần điều trị thư để tìm ra loại phù hợp.

Hiếm khi cần điều trị viêm củng mạc bằng phẫu thuật. Chỉ định duy nhất là các trường hợp viêm củng mạc hoại tử tiến triển tới doạ thủng hoặc thủng nhãn cầu. Điểm mẩu chốt của điều trị phẫu thuật không phải là kỹ thuật phẫu thuật mà là khâu điều trị kiểm soát qúa trình viêm trước phẫu thuật. Vật liệu thay thế củng mạc cũng có thể là củng mạc từ mắt khác, màng xương, cân cơ ... Các thì phẫu thuật gồm tách kết mạc rộng, cắt bỏ các phần hoại tử của giác mạc, củng mạc. Mảnh ghép được cố định bởi 9/0 hoặc 10/0 sau đó được phủ kết mạc lên. Sau mổ cần tránh dùng corticoid tra để tạo điều kiện cho tân mạch và tế bào phát triển vào mảnh ghép.