Kỹ thuật chọc dịch não tủy chỉ lấy một lượng rất nhỏ trong khoang dịch não tủy để xét nghiệm (khoảng 5-6ml), không ảnh hưởng gì tới cơ thể. Vị trí chọc dịch não tủy cũng khá an toàn: ở trẻ sơ sinh là thóp, ở người lớn, trẻ lớn là vùng thắt lưng, khe liên đốt L3-L4, L4-L5, L5-S1. Vì tủy sống kết thúc (nón tủy) ở khe L1-L2 nên có thể nói chọc dịch não tủy ở các vị trí trên không hề chạm tới tủy sống, lại càng không ảnh hưởng gì tới não bộ cả. Vậy, mọi người không nên vì chữ “chọc dịch não tủy” mà suy đoán và lo sợ.

Biến chứng của kỹ thuật này sẽ không thể xảy ra khi bác sĩ khám lâm sàng cẩn thận, loại trừ các trường hợp chống chỉ định. Đó là các trường hợp: nhiễm khuẩn da hay mô mềm vùng chọc dò (tránh gây nhiễm khuẩn lan vào khoang dưới nhện); tăng áp lực nội sọ; Nguy cơ chảy máu: các bệnh lý của máu, đang dùng thuốc chống đông. Đôi khi người bệnh có thể bị đau đầu sau chọc dịch não tủy, nhưng tình trạng này sẽ hết sau vài giờ hoặc ít ngày.

Thủ thuật chọc dịch não tủy được bác sĩ chỉ định trong những trường hợp:

- Chẩn đoán:
+ Nhiễm khuẩn thần kinh: viêm màng não do virus, vi khuẩn, nấm, viêm não;
+ Chẩn đoán xuất huyết dưới nhện;
+ Chẩn đoán một só tình trạng viêm hệ thống: Xơ cứng rải rác, Guillain-Barre, bệnh Devic, neurosarcoidosis;
+ Chấn đoán khối u màng não;
+ Chẩn đoán một số rối loạn chuyển hóa.

- Điều trị:
+ Một số thủ thuật đòi hỏi vô cảm vùng dưới cơ thể;
+ Điều trị kháng sinh hoặc hóa chất.