Viện phát triển theo mô hình viện - trường tại hai cơ sở, ở miền Bắc và miền Nam.
 
Viện có 6 nhiệm vụ là:

- Điều trị và chăm sóc sức khoẻ cho cán bộ Trung ương;

- Điều trị cho cán bộ trung, cao cấp trong quân đội;

- Nghiên cứu khoa học;

- Đào tạo, huấn luyện;

- Thừa kế, chỉ đạo các tuyến quân y trong toàn quân về YHCT;

- Hợp tác quốc tế.

Về đội ngũ cán bộ khoa học, Viện có trên 600 cán bộ và nhân viên; 130 cán bộ có trình độ đại học và sau đại học, trong đó: giáo sư­, tiến sĩ là 30.

Trong suốt 30 năm qua, được sự chỉ đạo của Thủ trưởng Bộ Quốc phòng, sự giúp đỡ của các cơ quan chức năng và nhân dân địa phương, Viện YHCT Quân đội đã hoàn thành xuất sắc mọi nhiệm vụ được giao. Viện đã được Đảng, Nhà nước và quân đội tặng thưởng nhiều Huân chương, Huy chương và Bằng khen; được nhân dân hết lòng tin yêu và giúp đỡ.

Dưới đây là tóm tắt một số kết quả hoạt động của đơn vị:

- Công tác điều trị: Viện điều trị có hiệu quả trên 50 mặt bệnh bằng phương pháp kết hợp Đông – Tây y; trong đó có một số bệnh đang là thế mạnh của Viện như: gút, đột quỵ não, viêm tắc động mạch chi, viêm gan mạn, bệnh về xương khớp, các bệnh về hậu môn trực tràng, nam khoa... Đây là những bệnh thuộc các đề tài nghiên cứu khoa học cấp Nhà nước, cấp Bộ và hợp tác với Trung Quốc. Hàng năm, số ng­ười đến khám là 50.000 lư­ợt; điều trị là 5.000 lượt.

- Công tác chăm sóc sức khoẻ cán bộ cao cấp: Viện đã thu dung điều trị cho nhiều lượt cán bộ cao cấp của Đảng, Nhà nước và Quân đội. Bằng phương pháp kết hợp Đông – Tây y, công tác điều trị đã đạt kết quả tốt, được các đồng chí cán bộ cao cấp tin tưởng và khen ngợi.

- Công tác huấn luyện và đào tạo: Năm 1991, Viện là cơ sở đầu tiên trong toàn quốc được Bộ Giáo dục và Đào tạo quyết định cho phép đào tạo thạc sĩ chuyên ngành YHCT. Tới nay, Viện đã đào tạo được 10 khoá thạc sĩ gồm 130 học viên, 19 khoá Bác sĩ YHCT với 420 học viên, 19 khoá Y sĩ YHCT với 720 học viên.

Viện cũng đã cử đi đào tạo tại các cơ sở trong và ngoài nước đ­ược 36 nghiên cứu sinh, tiến sĩ; trong đó, đào tạo tại Trung Quốc là 26 nghiên cứu sinh, tiến sĩ. Bên cạnh đó, Viện cũng là cơ sở thực hành lâm sàng cho Học Viện Quân y, Học viện Y Dược học cổ truyền Việt Nam.

- Công tác nghiên cứu khoa học: Tới nay, Viện đã thực hiện đ­ược 240 đề tài NCKH các cấp;trong đó, có 7 đề tài, ch­ương trình cấp Nhà nước, 40 đề tài cấp Bộ. Các đề tài nghiên cứu đều h­ướng về bộ đội ở đơn vị và cộng đồngnhư: nghiên cứu chữa bỏng, chữa vết thương phần mềm, bó gãy xư­ơng, phòng chống sứa lửa, chữa sốt rét, nâng cao thể lực phi công và bộ đội hóa học, điều trị đột quỵ não, điều trị hỗ trợ bệnh nhân ung th­ư, bệnh nhân nhiễm HIV/AIDS.

- Công tác chỉ đạo tuyến: Viện đã kết hợp chặt chẽ cùng Phòng Y học dân tộc/Cục Quân y tiến hành khảo sát, giúp đỡ một số trang thiết bị cho các tuyến quân y cơ sở để phát triển YHCT, thực hiện các đề tài NCKH; mời cán bộ YHCT cơ sở tham dự các khoá học ngắn hạn tại Trung Quốc.

- Công tác hợp tác trong nước và quốc tế: Viện có quan hệ chặt chẽ với các cơ sở khoa học lớn trong n­ước và th­ường xuyên tiếp xúc, trao đổi với các đoàn quân, dân y của một số n­ước như: Cuba, Hàn Quốc, Hoa Kỳ, Nga, Nhật Bản, Pháp, Tổ chức Y tế Thế giới. Đặc biệt, hàng năm đơn vị đều tổ chức hội nghị trao đổi học thuật với Trung Quốc.

- Công tác dược sản xuất thuốc: Từ kết quả thừa kế và NCKH, tới nay, Viện đã tạo ra được trên 60 chủng loại thuốc. Hàng năm sản xuất trên 100 tấn dược phẩm các loại phục vụ điều trị nội và ngoại trú dưới dạng­: viên hoàn, viên nang, viên nén, cao lỏng, chè tan, thuốc bột.  Sản phẩm thuốc do Viện sản xuất rất tiện sử dụng, dễ bảo quản, dễ vận chuyển tới các đơn vị và cộng đồng.  Công nghệ bào chế và sản xuất thuốc từng bước được hiện đại hoá, quy trình kỹ thuật đạt tiêu chuẩn chất lượng cao.

- Phương hướng phát triển trong thời gian tới: Để tiếp tục quá trình phát triển, Viện sẽ triển khai Phân viện tại TPHCM; kết hợp với một số cơ sở y học có uy tín trong và ngoài n­ước xây dựng đề án đào tạo tiến sĩ chuyên ngành YHCT.

Kế thừa những kinh nghiệm hay, bài thuốc quý của dân tộc, kết hợp với các ph­ương tiện hiện đại nhằm không ngừng nâng cao chất lượng trong chẩn đoán và điều trị;

Tiếp tục xây dựng Viện: “Sáng về y đức, sâu về y lý, giỏi về y thuật”; giữ vững niềm tin của bệnh nhân; và luôn xứng đáng: “Quân đội trung hiếu/Nam dược thần hiệu”

Có được những kết quả như trên, Viện đã nhận được sự ủng hộ to lớn, sự giúp đỡ quý báu của các cơ sở khoa học có uy tín như: Học viện Quân y, Viện Quân y 103, Viện Bỏng Quốc gia, BV Trung ương Quân đội 108, ĐH Y Hà Nội, ĐH Dược Hà Nội, Viện Kiểm nghiệm Dược Bộ Y tế; các cơ quan quản lý của Bộ Quốc phòng, Bộ Giáo dục và Đào tạo, Bộ Y tế, Bộ Khoa học và Công nghệ; và các nhà khoa học trong và ngoài quân đội.