Thần kinh là một tổ chức cao cấp và đặc thù, khó có thể có một mô nào thay thế. Nó hoạt động trên nguyên tắc điện xung và dẫn truyền. Trong khi đó, đa phần các mô khác lại không hoạt động theo nguyên tắc này nên khó có sự tương đồng.

Thần kinh lại là tổ chức ít được nuôi dưỡng trực tiếp từ các mạch máu tuần hoàn, cho nên khả năng liền của một vết khâu nối thần kinh là rất mong manh. Dinh dưỡng cơ bản và nhiều nhất vẫn là mạch máu. Không có mạch máu hay sự hạn chế tuần hoàn là một cản trở lớn tới sự thành công của khâu nối.

Thần kinh lại là một tổ chức tinh vi và có một hướng phát triển duy nhất. Nói là tinh vi vì phải có một thời gian nhất định thần kinh mới phân bố đầy đủ và toàn vẹn vào mô để thực hiện chức năng cảm giác, vận động. Nó có xu hướng phát triển duy nhất là chỉ phát triển từ trung tâm ra ngoại vi. Thế nên, nhìn bên ngoài có thể chúng ta có một vết khâu nối thần kinh đẹp và quy chuẩn nhưng kết quả thu được lại không đáng kể.

Hầu như những trường hợp phải khâu nối thần kinh đều phục hồi kém, đặc biệt là về cảm giác. Các dị cảm xuất hiện, tê bì, kiến bò, cảm giác không thật và không thể phân biệt được cảm giác sâu và cảm giác không gian. Nhưng tệ hại hơn là sự phát triển cục bộ do tạo thành những u thần kinh từ những đầu thần kinh quấn lại mà không đi đúng đường dẫn tới mô cần thiết. Do đó mà nhiều bệnh nhân sau phẫu thuật thần kinh bị chứng đau kiểu u thần kinh tác động.

Vấn đề phẫu thuật khâu nối thần kinh thực sự nan giải. Người ta chỉ hy vọng phần nhiều vào những đoạn khâu nối thần kinh mà khoảng cách hai đầu chỉ dưới 5mm. Những trường hợp còn lại trông chờ rất mong manh vào những mảnh ghép thần kinh tự thân.