Thời gian từ khi thụ thai đến khi đứa trẻ được sinh ra gọi là thời kỳ bào thai, chia làm hai giai đoạn. Giai đoạn phát triển phôi thai gồm 3 tháng đầu của kỳ thai, dành cho sự tượng hình và biệt hóa các bộ phận của bào thai, bào thai chưa có hình dạng đầy đủ. Do đó, trong khoảng thời gian này nếu dùng thuốc có tác dụng cản trở sự tượng hình và biệt hóa, như một số thuốc an thần, một số thuốc kháng sinh, thuốc nội tiết tố, thuốc chống ung thư... có thể gây ra quái thai, dị tật bẩm sinh.

Dị tật bẩm sinh có thể xảy ra ở bất cứ bộ phận nào như tim, mạch máu, đầu, mặt, bộ phận tiết niệu, sinh dục, tiêu hóa, xương, cơ, các chi... Trước đây đã có hàng nghìn phụ nữ châu Âu sinh ra quái thai cụt chi do đã uống thuốc an thần Thalidomid trong 3 tháng đầu của thai kỳ.

Từ tháng thứ tư trở đi, giai đoạn phát triển nhau thai, bào thai đã tượng hình và chỉ còn việc phát triển, tăng trưởng thì một số thuốc có thể ảnh hưởng xấu đến các cơ quan sau này của trẻ do có độc tính đối với các mô đang phát triển của bào thai. Ví dụ kháng sinh Tetracylin ảnh hưởng xấu đến mô xương và răng, thuốc kháng sinh thuộc họ aminosid như Streptomycin gây độc tính với cơ quan thính giác và thận. Ngay trước khi trở dạ, một số thuốc vẫn có thể tác động đến thai nhi, như Morphin, Reserpin...