Phương pháp dùng thuốc để phá thai được gọi là phá thai nội khoa. Cần biết rằng, phá thai nội khoa dù bằng thuốc cũng rất nguy hiểm, cần được thực hiện tại bệnh viện.

Trên thế giới hiện có 4 nhóm thuốc phá thai, Việt Nam dùng nhóm mifepristone và misoprostol.

Hoóc môn progesteron do hoàng thể tiết ra trong chu kỳ kinh nguyệt có tác dụng làm dày niêm mạc tử cung để trứng làm tổ và bám chắc vào đó. Nhóm thuốc mifepristone có tác dụng đối kháng với pro-gesteron nên cản trở quá trình này. Nếu dùng sớm khi chưa thụ thai thì nó ngăn cản quá trình thụ thai (được coi là thuốc tránh thai khẩn cấp). Nếu dùng muộn khi đã có thai trong vòng 49 ngày, nó làm bong thai ra khỏi niêm mạc tử cung, được coi là thuốc phá thai. Khi dùng mifepristone quá muộn, thai sẽ không bong ra được.

Còn nhóm thuốc misoprostol làm tăng cường co bóp cơ tử cung để tống thai ra ngoài sau khi mifepristone đã làm bong thai ra khỏi niêm mạc tử cung. Để phá thai, 2 nhóm thuốc trên nhất thiết phải kết hợp với nhau.

Phụ nữ có thai 7 tuần tuổi trở xuống (tính từ ngày đầu tiên của kỳ kinh cuối cùng), vì một lý do nào đó mà bắt buộc phải chấm dứt thai kỳ thì có thể dùng phương pháp này. Đặc biệt lưu ý, tuyệt đối không được tự mua thuốc về uống mà phải đến cơ sở y tế để làm các xét nghiệm lâm sàng trước khi thực hiện phá thai nội khoa. Và phương pháp này chỉ an toàn khi người cung cấp dịch vụ là các cán bộ y tế đã được đào tạo và có đủ kỹ năng thực hiện phương pháp phá thai này.

Nếu phá thai bằng thuốc tại những nơi không phải là cơ sở y tế được cho phép thì rất nguy hiểm vì sẽ bị những tai biến do người không rành chuyên môn dùng những biện pháp không an toàn.