Thời gian từ khi thụ thai đến khi đứa trẻ được sinh ra gọi là thời kỳ bào thai, chia làm hai giai đoạn. Giai đoạn phát triển phôi thai gồm 3 tháng đầu của kỳ thai, dành cho sự tượng hình và biệt hóa các bộ phận của bào thai, bào thai chưa có hình dạng đầy đủ. Do đó, trong khoảng thời gian này nếu dùng thuốc có tác dụng cản trở sự tượng hình và biệt hóa, như một số thuốc an thần, một số thuốc kháng sinh, thuốc nội tiết tố, thuốc chống ung thư... có thể gây ra quái thai, dị tật bẩm sinh.

Nếu có thể, tuyệt đối tránh dùng mọi thuốc trong 3 tháng đầu của thai kỳ. Một số thầy thuốc khuyến cáo, phụ nữ còn trong tuổi hoạt động sinh dục, có khả năng thụ thai thì trong nửa cuối của chu kỳ kinh nguyệt, tức là lúc rụng trứng cho đến khi có kinh cần tránh dùng mọi thứ thuốc. Bởi vì có nhiều thứ thuốc có tính tích lũy, đào thải rất chậm ra khỏi cơ thể, khi uống lúc chưa thụ thai nhưng đến khi thụ thai thì thuốc còn giữ lại trong cơ thể người mẹ gây ảnh hưởng xấu cho thai.

Nếu cần thiết phải dùng thuốc chữa bệnh, đặc biệt có những bệnh như trình bày ở trên cần dùng thuốc để chữa trị kịp thời thì tốt nhất là đến khám ở bác sĩ để chỉ định thuốc. Khi đó bác sĩ sẽ cân nhắc thật kỹ giữa lợi ích sức khỏe của bà mẹ và mức ảnh hưởng đến bào thai để chọn thuốc hiện diện trên thị trường nhiều năm được công nhận là an toàn đối với thai phụ và cho dùng liều thấp nhất có hiệu lực.

Nếu đã có thai mà không biết, lỡ dùng một số loại nguy hiểm thì trong thời gian mang thai, cần khám thai định kỳ để được bác sĩ chuyên khoa theo dõi kỹ.

Lưu ý một số thuốc phụ nữ có thai không nên dùng:

- Thuốc giảm đau gây nghiện: dextropropropoxyphen.
- Thuốc chống đau nửa đầu: erotamin.
- Thuốc ức chế hệ thần kinh trung ương: barbiturat, benzodiazephin, rượu.
- Thuốc giảm đau chống viêm: aspirin, indomethacin, aproxen...
- Thuốc kháng sinh: các aminoglycosid, cloramphenicol, dapson, rifampicin, quinolon, tetracilin, Co-Trimoxazol...
- Thuốc hạ huyết áp: reserpin, nifedifin, các chẹn Beta, Acei.
- Thuốc lợi tiểu: các Thiazid.
- Thuốc da liễu: Isotretinoinm, vitamin A liều cao, vitamin K liều cao...
- Một số thuốc có thể gây quái thai: thuốc ức chế men chuyển, androgen (danazol), chống động kinh (carbamazepin, phenytoin, acid valproic), thuốc trị ung thư (antineoplastics: cyclophosphamid, methotrexat), isotretinoin diethystillbestrol, idod, lithi, thalidomid, warfarin...