Bệnh viện 354 tiền thân là Quân y xá Trần Quốc Toản (còn gọi là Quân y viện Trung ương), được thành lập theo Nghị định 82/NĐ, ngày 27/5/1949 của Bộ Quốc phòng Tổng Tư lệnh.

Tổ chức chỉ huy:

- Chỉ huy Bệnh viện: Hiện nay Ban Giám đốc Bệnh viện có 06 đồng chí, gồm: Giám đốc, Chính ủy, Phó Giám đốc Kế hoạch, Phó Giám đốc Nội khoa, Phó Giám đốc Ngoại khoa, Phó Giám đốc Hậu cần – Quân sự.

- Khối Cơ quan gồm 07 ban: Ban Kế hoạch Tổng hợp, Ban Chính trị, Ban Hậu cần, Ban Hành chính, Ban Tài Chính, Ban Y tá điều dưỡng, Ban Quản lý nhà tang lễ.

- Khối Nội gồm 08 khoa: Khoa Nội cán bộ (A1), Khoa Nội Tim – Thận – Khớp (A2), Khoa Nội tiêu hóa – Bệnh máu (A3), Khoa Nội truyền nhiễm – Da liễu (A4), Khoa Nội Tâm thần kinh (A7), Khoa Y học dân tộc (A10), Khoa Hồi sức cấp cứu (A12), Khoa Khám chữa bệnh nhân dân (A22).

- Khối Ngoại gồm 07 khoa: Khoa Ngoại Chấn thương chỉnh hình (B1), Khoa Ngoại chung (B3), Khoa Phẫu thuật – Gây mê hồi sức (B5), Khoa Mắt (B7), Khoa Răng – Hàm – Mặt (B8), Khoa Tai – Mũi – Họng (B9), Khoa Sản phụ (B11).

- Khối Cận lâm sàng gồm 08 khoa: Khoa Khám bệnh (C1), Khoa Dược (C9), Khoa Trang bị (C10), Khoa Xét nghiệm – GPB (C2), Khoa Chẩn đoán hình ảnh – Chức năng (C8), Khoa Lý liệu - Phục hồi chức năng (C6), Khoa Dinh dưỡng (C11), Khoa Chống nhiễm khuẩn (C12).

Chức năng, nhiệm vụ của Bệnh viện là thu dung, cấp cứu và điều trị cho hơn 100 đầu mối tuyến, với quy mô hơn 250 giường bệnh, đối tượng phục vụ đa dạng, bao gồm: Cán bộ cấp tướng, cấp tá, cấp uý, QNCN, HSQ-CS, CNVQP, các đối tượng chính sách của cơ quan Bộ Quốc phòng, các quân binh chủng, các Tổng cục, bảo hiểm y tế và dịch vụ y tế (trong đó phần đông cán bộ quân đội và cán bộ nhà nước nghỉ hưu). Đồng thời sẵn sàng tham gia làm các nhiệm vụ khác khi có yêu cầu của cấp trên.

Đội ngũ bác sĩ