Theo hướng dẫn trên, các bệnh viện hạng đặc biệt, bệnh viện hạng 1 thuộc thẩm quyền quản lý trực tiếp các bộ, ngành thì Bộ trưởng Bộ Y tế phê duyệt giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh đối với từng cơ sở.

Đối với trạm y tế cơ quan, đơn vị, tổ chức, trạm y tế quân dân y, phòng khám quân dân y, việc áp dụng giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh đã được Hội đồng nhân dân, Ủy ban Nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương quy định đối với trạm y tế xã, phường, thị trấn của địa phương đó.

Đối với bệnh xá quân dân y, việc áp dụng giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh đã được Hội đồng nhân dân, Ủy ban Nhân dân tỉnh quy định đối với phòng khám đa khoa khu vực của địa phương đó.

Các bệnh viện hạng 2, 3, 4 thuộc thẩm quyền quản lý trực tiếp các Bộ, ngành còn lại (bao gồm cả bệnh viện quân dân y) áp dụng giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh đã được Hội đồng nhân dân, Ủy ban Nhân dân tỉnh quy định đối với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh cùng hạng của địa phương đó.

Các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh bộ, ngành chưa thực hiện việc xếp hạng thì cơ quan quản lý về y tế của bộ, ngành phối hợp với cơ quan Bảo hiểm xã hội tỉnh thống nhất việc áp dụng giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh đã được Hội đồng nhân dân, Ủy ban Nhân dân tỉnh quy định đối với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh cùng hạng của địa phương đó trong thời gian chờ xếp hạng theo quy định của Bộ Y tế.

Theo Thứ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Thị Xuyên, trường hợp cơ sở khám bệnh, chữa bệnh bộ, ngành thực hiện các dịch vụ kỹ thuật chưa có trong quy định giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh của địa phương thì cơ sở khám bệnh, chữa bệnh bộ, ngành phải thực hiện xây dựng phương án giá theo hướng dẫn của Bộ Y tế và báo cáo Bộ Y tế xem xét, quyết định.

Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 15/3/2013 và không áp dụng đối với các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh của Nhà nước thuộc Bộ Y tế và các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh của Nhà nước thuộc địa phương quản lý.