Biến chứng khi cắt amidan nguy hiểm, đứng hàng đầu chính là xuất huyết. Tình trạng chảy máu có thể trở nên trầm trọng khi không thể cầm máu, rơi vào hôn mê. Bên cạnh đó, việc dị ứng với các thành phần của thuốc có thể dẫn đến rối loạn nhịp tim, sốc phản vệ, có thể dẫn đến tử vong nếu không đưa ra biện pháp điều trị kịp thời.

Mức độ của sốc phản vệ khác nhau, nếu diễn biến nhẹ với những triệu chứng đau đầu, sợ hãi, chóng mặt, có thể có nổi mày đay, mẩn ngứa, phù Quincke, nôn hoặc buồn nôn, đau bụng, đái ỉa không tự chủ, nhịp tim nhanh, huyết áp tụt, khó thở.

Diễn biến trung bình, bệnh nhân hoảng hốt, sợ chết, choáng váng, ngứa ran khắp người, khó thở, co giật, đôi khi hôn mê, đau bụng, da tím tái, niêm mạc nhợt, đồng tử giãn, mạch nhanh nhỏ, huyết áp tụt hoặc không đo được.

Diễn biến nặng, xảy ra ngay trong những phút đầu tiên với tốc độ chớp nhoáng. Người bệnh hôn mê, nghẹt thở, da tím tái, mạch huyết áp không đo được, tử vong sau vài phút, hãn hữu kéo dài vài giờ.

Sốc phản vệ có thể xảy ra rất sớm hay đôi khi muộn hơn sau một vài giờ, nhưng khi đã xảy ra sốc phản vệ, diễn tiến sẽ rất nhanh trong vòng 1-2 phút và chuyển sang trạng thái nguy kịch, lúc này rất khó để đảo ngược tình huống, có những trường hợp tử vong quá nhanh và bất ngờ ngay trước mặt đội ngũ bác sỹ có chuyên môn giỏi và phương tiện kỹ thuật cực kỳ hiện đại.

Lời khuyên dành cho các bệnh nhân viêm nhiễm amidan là chỉ nên cắt bỏ amidan nếu bị viêm quá 4 lần trong 1 năm, mỗi lần viêm kéo dài hơn 1 tuần, có các biến chứng gần như: viêm tai giữa, viêm mũi họng, phế quản hoặc biến chứng xa viêm cầu thận, viêm màng ngoài tim, viêm khớp...

Đối với bệnh nhân còn nhỏ tuổi, chỉ nên phẫu thuật cắt bỏ amidan khi đã trên 7 tuổi và amidan đã quá to làm cản trở đường hô hấp gây khó thở trong lúc ngủ.