Carcinoma tế bào gai xảy ra ở da và cả niêm mạc. Đa số xuất hiện ở vùng phơi bày ra ánh sáng, đặc biệt là trên thương tổn dày sừng do ánh sáng (kératose sénile),  vị trí thường gặp là ở sẹo vết phỏng và vết loét lâu năm. Tỷ lệ di căn của carcinome tế bào gai là 2-3%. Nếu Carcinome tế bào gai trên nền thương tổn dày sừng do ánh sáng thì tỷ lệ di căn sẽ thâp hơn so với Carcinoma xuất hiện trên nền loét, sẹo mạn tính. Vị trí di căn cao là quy đầu, âm hộ, niêm mạc miệng và môi.

Phụ thuộc vào kích thước, độ sâu của u, sự biệt hóa về mô học, sự phát triển của u, căn nguyên, vị trí, cơ thể học, hướng thần kinh, sự tái phát sau khi điều trị và đối với người suy giảm miễn dịch.

Vết u > 2cm có nguy cơ tái phát tại chỗ gấp 2 lần và di căn gấp 3 lần so với kích thước < 2cm.

Độ sâu của u nếu qua khỏi bì lưới thì có nguy cơ tái phát hay di căn. Có sự liên quan chặt chẽ giữa độ biệt hóa mô học thấp và nguy cơ tái phát tại chỗ hay di căn.

Các u tái phát thường tiên lượng rất xấu (25-45% di căn) vì kích thước càng lớn thì càng xâm lấn. Ở người suy giảm miễn dịch thì Carcinoma tế bào gai phát triển mạnh hơn và di căn cao hơn.