Nước oxy già được sử dụng như một thuốc kháng khuẩn thứ yếu, có tác dụng tẩy uế, làm sạch vết thương và khử mùi. Ngoài ra oxy già còn được sử dụng kết hợp với những chất khử khuẩn khác để tẩy uế tay, da và niêm mạc; rửa miệng trong điều trị viêm miệng cấp và súc miệng khử mùi; làm sạch ống chân răng và hốc tủy răng, nhỏ tai để loại bỏ ráy tai.... Hơn nữa, nước oxy già còn có tác dụng cầm máu nhẹ.

Tuy nhiên nước oxy già cũng không “lành” như ta tưởng. Dung dịch oxy già với nồng độ đậm đặc có thể gây tổn thương mô (vì thế đối với loại dung dịch oxy già có nồng độ 27%, 30% được sử dụng để pha những dung dịch loãng hơn và không được bôi lên các tổn thương dạng chưa được pha loãng).

Nước oxy già cũng có thể gây kích ứng “bỏng” da và niêm mạc. Khi sử dụng nhắc lại nhiều lần đặc biệt dùng để súc miệng hoặc rửa miệng trong thời gian dài có thể gây phì đại nhú lưỡi (còn gọi là hiện tượng lưỡi có lông).

Không bôi nước oxxy già lên những vết thương đang lành (lên da non) vì sẽ gây tổn thương mô, khiến vết thương lâu lành hơn.

Oxy già có nhiều nồng độ khác nhau từ 1,5-30%. Tùy theo mục đích sử dụng mà chọn nồng độ thích hợp nhưng thông thường dùng loại có nồng độ từ 1,5-3%.

Để làm sạch vết thương hoặc vết loét dùng dung dịch oxy già 1,5-3% hoặc dạng gel 1,5% bôi tại chỗ. Để rửa miệng và xúc miệng khử mùi trong điều trị viêm miệng cấp dùng nước oxy già 1,5-3% nhưng thường pha loãng ra với cùng thể tích nước. Để làm sạch những vết thương nhỏ ở miệng hoặc lợi, dùng oxy già 1,5% dạng gel, bôi 4 lần/ngày (bôi một lượng gel nhỏ bôi vào, để yên ít nhất một phút, sau đó khạc nhổ ra). Đối với trường hợp muốn loại bỏ ráy tai, cần pha loãng một phần dung dịch nước oxy già 6% với ba phần nước trước khi nhỏ tai.