Các khoa Lâm sàng : có 19 khoa

-  Khoa Khám bệnh

- Khoa Cấp cứu

- Khoa Hồi sức tích cực - Chống độc

- Khoa  Nội A

- Khoa Nội B (Nội Tổng hợp)

- Khoa Nội C (Nội Tim mạch - Lão khoa)

- Khoa Ngoại Tổng Quát

- Khoa Ngoại Chấn thương chỉnh hình

- Khoa Ngoại Thần kinh - Cột sống

-  Khoa Phẫu thuật gây mê hồi sức

- Khoa Nhiễm

- Khoa Sản

-  Khoa Nhi

- Khoa Mắt

- Khoa Răng Hàm Mặt

- Khoa Tai Mũi Họng

- Khoa Y học cổ truyền

-  Khoa Phục hồi chức năng

-  Khoa Điều trị theo yêu cầu

Các khoa Cận lâm sàng : Có 5 khoa

-  Khoa Dược

-  Khoa Chẩn đoán hình ảnh

- Khoa Xét nghiệm

-  Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn

-  Khoa Dinh dưỡng
Bệnh viện Đa khoa Tây Ninh góp phần không nhỏ vào công tác chăm sóc sức khỏe người dân trong tỉnh và là một điển hình của ngành y tế tỉnh Tây Ninh. Bệnh viện thường xuyên mời các bệnh viện tuyến trên (BV chấn thương chỉnh hình, BV Tâm Đức, BV Chợ Rẫy, 115, BV Gia Định…) cử đoàn cán bộ đến tập huấn nâng cao tay nghề cho một số khoa: mổ thần kinh cột sống, nội soi khớp gối… Từ năm 2015, bệnh viện phát triển chuyên môn trong chức năng lộc thận, phẫu thuật thay khớp.

Đội ngũ bác sĩ