Để điều trị cho những người mắc bệnh này, Y học thường thực hiện 2 phương pháp: Chọc hút u nang hay phẫu thuật cắt bỏ. Việc chọc hút thường thất bại do vỏ nang dầy. Còn phẫu thuật lại phụ thuộc lớn vào trình độ của phẫu thuật viên. Nếu phẫu thuật viên chưa hiểu biết đầy đủ về quá trình phôi thai học, thì phẫu thuật thường chỉ là cắt bỏ nang đơn thuần, không thắt tận gốc đường rò, nên tỷ lệ tái phát sau mổ cao. Đã có nhiều phương pháp phẫu thuật ngoại khoa được chọn lựa để điều trị bệnh u nang giáp móng. Chẳng hạn phương pháp Berereton và Symonds là phẫu thuật cắt bỏ khối u, không cắt xương móng và đường rò trên xương móng nhưng sau mổ tỷ lệ rò tái phát lên tới 38%. Cách của Hoffman và Schuter là phẫu thuật cắt bỏ khối u, cắt xương móng nhưng không cắt bỏ rộng rãi phần mềm và đường rò trên xương móng: tỉ lệ rò tái phát là 30%.

Phương pháp cắt bỏ u nang giáp móng theo phương pháp Sistrunk được coi là phương pháp chuẩn nhất hiện nay. Kỹ thuật Sistrunk mổ dọc theo đường giữa cổ, cắt bỏ khối u, phần giữa của xương móng, đường rò trên xương móng. Tỷ lệ tái phát sau mổ thấp. Để giúp người bệnh sớm thoát khỏi tình trạng nguy hiểm, Khoa Ngoại – Bệnh viện Nội tiết đã áp dụng phương pháp phẫu thuật này, nhưng lại cải tiến theo đường mổ ngang, đảm bảo tính thẩm mỹ và dễ dàng mở rộng phẫu trường khi cần thiết. Kỹ thuật được thực hiện bằng cách gây mê nội khí quản. Đường mổ ngang theo nếp lằn cổ qua cực dưới khối u dài từ 3-4 cm bóc tách da lên trên và xuống dưới. Tách theo đường giữa, bóc tách cơ đi vào tới u nang. Giải phóng u nang tới tận xương móng theo hướng đường rò vào chính giữa xương móng...

Kết quả 96,63% bệnh nhân được phẫu thuật theo phương pháp Sistrunk khỏi hoàn toàn. Sau mổ bệnh nhân không còn cảm giác chẹn tức vùng cổ, sẹo liền đẹp, tỉ lệ rò tái phát thấp (3,3%), thời gian nằm viện trung bình là 4 ngày. Phát huy ưu điểm của phương pháp phẫu thuật Sistrunk, hiện Khoa Ngoại – Bệnh viện Nội tiết Trung ương đã đưa kỹ thuật này vào thực hiện thường quy và chuyển giao cho các bệnh viện tuyến dưới.