Theo hồ sơ vụ án, năm 2003, ông Hoàng Xuân Quế (Phó Viện trưởng Viện Ngân hàng - Tài chính, Trường Đại học Kinh tế quốc dân) làm luận án Tiến sĩ với đề tài “Giải pháp hoàn thiện các công cụ chủ yếu của chính sách tiền tệ ở Việt Nam”.

Nguyên đơn trong vụ kiện này là ông Hoàng Xuân Quế đã làm đơn khởi kiện ra Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội đề nghị tuyên hủy Quyết định của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo về việc thu hồi Bằng Tiến sĩ của ông Hoàng Xuân Quế.

Năm 2013, ông Hoàng Xuân Quế bị tố cáo "đạo" luận án Tiến sĩ năm 2002 của ông Mai Thanh Quế. Thanh tra Bộ Giáo dục và Đào tạo đã vào cuộc xác minh vụ việc. Căn cứ vào luận án lưu tại Thư viện Quốc gia, Đoàn công tác kết luận ông sao chép khoảng 30%. Đoàn thanh tra khẳng định luận án của ông Hoàng Xuân Quế có sao chép một phần từ luận án của ông Mai Thanh Quế.

Ông Hoàng Xuân Quế giải trình, cuốn luận án trên không phải là bản đưa ra bảo vệ chính thức tại Hội đồng chấm luận án tiến sĩ cấp Nhà nước vào ngày 26/3/2003 vì không có chữ ký của ông tại phần "lời cam đoan". Ông nghi ngờ bị đánh tráo hoặc nhầm bản khác do ông nhờ người cháu đi nộp hộ. Vì vậy, theo ông Hoàng Xuân Quế, bản lưu giữ tại Thư viện Quốc gia không có tính pháp lý, không thể dùng làm cơ sở xác định nội dung sao chép.

Trước ý kiến này, Thanh tra của Bộ cho rằng, theo quy định, nghiên cứu sinh phải nộp bản chính tại Thư viện Quốc gia, lấy biên nhận gửi Bộ để làm thủ tục cấp Bằng Tiến sĩ. Luận án Tiến sĩ của ông Hoàng Xuân Quế có nhiều câu, nhiều đoạn, nhiều trang sao chép y nguyên của Tiến sĩ Mai Thanh Quế, nhiều nhất ở chương 3. Nếu bỏ đi phần sao chép này, luận án không đủ chất lượng để bảo vệ.

Trên cơ sở đó, Đoàn thanh tra đã kiến nghị thu hồi Bằng Tiến sĩ và thu hồi quyết định công nhận Phó Giáo sư của ông Hoàng Xuân Quế; đồng thời, đề nghị Hiệu trưởng Đại học Kinh tế quốc dân xem xét, xử lý vi phạm.

Ngày 11/10/2013, Bộ trưởng Giáo dục và Đào tạo (lúc đó là ông Phạm Vũ Luận) đã ra Quyết định thu hồi Bằng Tiến sĩ của ông Hoàng Xuân Quế. Không đồng tình, ông Hoàng Xuân Quế khởi kiện, cho rằng quyết định này trái pháp luật.

Tại Phiên tòa sơ thẩm, Hội đồng xét xử cho rằng trách nhiệm quản lý luận án Tiến sĩ thuộc về Bộ Giáo dục và Đào tạo nhưng cơ quan này không lưu giữ được các bản gốc của ông Hoàng Xuân Quế để làm căn cứ xác minh. Có 6 cuốn luận án với cấu trúc, hình thức khác nhau, tuy nhiên, Bộ Giáo dục và Đào tạo chỉ dựa vào cuốn lưu giữ ở Thư viện Quốc gia để xác định ông Hoàng Xuân Quế sao chép là không đảm bảo khách quan.

Về quan điểm của luật sư bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho Bộ Giáo dục và Đào tạo nhận định, việc ông Hoàng Xuân Quế trích dẫn mà không để trong ngoặc kép là sao chép và ông Hoàng Xuân Quế bị xác định đã sao chép tới 52,5/159 trang, Hội đồng xét xử cho rằng nếu ông Hoàng Xuân Quế có hành vi sao chép luận án mà không dẫn nguồn phải bị kỷ luật, xử phạt hành chính... chứ không thể bị thu hồi Bằng Tiến sĩ, bởi Quy chế đào tạo sau đại học không quy định.

Phán quyết của tòa cấp sơ thẩm đã đánh giá việc Bộ trưởng Phạm Vũ Luận ra quyết định thu hồi Bằng Tiến sĩ là trái quy định pháp luật. Trên cơ sở đó, Hội đồng xét xử đã quyết định chấp nhận một phần đơn khởi kiện của ông Hoàng Xuân Quế, tuyên hủy Quyết định của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo về việc thu hồi Bằng Tiến sĩ.

Đồng thời, Tòa cũng kiến nghị Bộ Giáo dục và Đào tạo cùng các cơ quan có thẩm quyền khôi phục học hàm, học vị cho ông Hoàng Xuân Quế. Do ông Hoàng Xuân Quế rút yêu cầu bồi thường dân sự, nên Tòa không xem xét.