Nghị định này cũng quy định rõ giao ba bộ Y tế, Công thương, Nông nghiệp và phát triển nông thôn quản lý an toàn vệ sinh thực phẩm, theo nguyên tắc bảo đảm xuyên suốt quản lý toàn bộ quá trình từ sản xuất - lưu thông sản phẩm, một sản phẩm chỉ chịu sự quản lý của một bộ, ngành, thay cho việc Bộ Y tế quản lý toàn bộ sản phẩm đã thành thực phẩm, Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn, Bộ Công thương quản lý quá trình sản xuất - chế biến như trước đây.

Cũng theo nghị định, lần đầu tiên Chính phủ có quy định về an toàn thực phẩm với sản phẩm biến đổi gen, Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn có trách nhiệm thành lập hội đồng an toàn sinh vật biến đổi gen, lập danh sách sản phẩm biến đổi gen được sử dụng làm thực phẩm.